ดร.ณัฐ อินทรปาณ ทำงานในด้านการกีฬาของไทย เคยดำรงตำแหน่งสำคัญในวงการกีฬา อาทิ รองประธานกรรมการบริหารกีฬามหาวิทยาลัยแห่งประเทศไทย (กกมท.) ประธานคณะกรรมการเทคนิคเอเชี่ยนเกมส์ ครั้งที่ 8 เลขาธิการคณะกรรมการโอลิมปิกแห่งประเทศไทย และประธานสหพันธ์ยิงเป้าบินแห่งเอเชีย

ในการจัดตั้งรัฐบาลของพลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ ได้มีการแต่งตั้งให้ ดร.ณัฐ อินทรปาณ ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา ซึ่งเป็นรัฐมนตรีช่วยว่าการคนแรกและคนเดียวของกระทรวงจนถึงปัจจุบัน[3]

ดร.ณัฐ อินทรปาณ ดำรงตำแหน่งคณะกรรมการโอลิมปิกแห่งประเทศไทย (กรรมการ IOC) วาระปี พ.ศ. 2552-2556